DNAフットプリント解析

　この手法はタンパク質とDNAの相互作用を同定することが可能で、二本鎖DNAと一本鎖DNAについて解析が出来ます。

ラベルされたDNAに対し、DNA結合タンパク質を加えたものと加えていないものを2種類用意し、これをインキュベートしてDNaseIで処理し、次にフラグメント解析サンプルとして電気泳動させます。通常、DNaseIで処理をするとバンドが無数に検出されますが、タンパク質の結合したDNAはDNaseI消化から保護され、結果としてタンパク質結合が起きた箇所のバンドの一部が消失します。

同時に、ダイプライマーシーケンシングを同じテンプレートDNAについて行ないます。 そして、得られたシーケンシングとフットプリントの電気泳動図はDNA−タンパク質相互作用の起きた領域を重ね合わせ、タンパク結合領域を推定します。 ただし、候補となる領域の塩基配列は、通常、事前に決定しておきます。

　●　クロマチン再構築研究

クロマチン再構築研究、転写プロファイリングやタンパク質認識やタンパク質結合ＤＮＡの部位特異的解析。 しばしば遺伝子調節とクロマチン組織を研究する研究者によって使用されます。

　⇒　遺伝子検査