| 分類 | メモ |
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| 明視野顕微鏡 | もっとも基本的な光学顕微鏡 |
| 暗視野顕微鏡 | 試料へ斜めから光をあてて生じた散乱光や反射光を観察 |
| 実体顕微鏡 | 正立視野が得られる光学系を2組備えた、比較的大きな試料を立体的に観察するタイプの顕微鏡 |
| 位相差顕微鏡 | 無色透明ではあるが屈折率が異なる部分からなる試料を観察する為の顕微鏡 |
| 微分干渉顕微鏡 | 光の偏光性と干渉性を利用して、無色透明な細胞や金属表面の段差などを観察する顕微鏡 |
| 偏光顕微鏡 （鉱物顕微鏡） |
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| 蛍光顕微鏡 | 試料から発せられる蛍光を観察する顕微鏡のこと。試料の固有の自発蛍光を観察する場合の他、蛍光色素による染色を行った上で観察する場合、あるいは遺伝子組み換えにより蛍光性タンパク質を発現させる場合などがある。 |
| 全反射照明蛍光顕微鏡 | 蛍光顕微鏡の照明に全反射を利用する方法 |
| 共焦点レーザー顕微鏡 | |
| 非線形光学顕微鏡 | |
| ラマン顕微鏡 | レーザー光を試料に照射したとき発生するラマン散乱光を検出することで画像を得る |